源治拿一个黑色的手提包将12个球装入后说：“好了，4个触手百合，4个太古羽虫，1个化石盔，2个菊石兽和1个始祖小鸟。”“没错，这是上交联盟的，这个是给你的。”黑木从兜里拿出一个j-i,ng灵球交给源治。“那真是感谢。走吧。”源治带着源漫离开了暮水镇。
等联盟的人离开后，黑木带着叶辉再次整理一回j-i,ng灵球，分出了2个触手百合，2个太古羽虫，2个化石盔，2个菊石兽，1个始祖小鸟，1个头盖龙，1个宝宝宝龙和1个化石翼龙。
研究所还剩特殊的化石翼龙，闪光化石翼龙和普通的化石翼龙个1只，宝宝暴龙3只，冰雪龙3只，头盖龙2只，始祖小鸟2只，遁甲龙3只，原盖海龟4只，触手百合4只，太古羽虫4只，化石盔3只和菊石兽2只。
将挑出的12个j-i,ng灵收进j-i,ng灵球，黑木带着叶辉去了地面研究所见了大吾和德文公司的助理，叶辉和德文公司的助理交接了j-i,ng灵球的数量，目送他坐着被许多训练家保护的潜艇走了。
还没回到大厅，就听到了黑木博士的咆哮：“……我不会同意的。”还有大吾：“请相信我的决心。”的声音，进屋后叶辉还没来得及和大吾说上一句话就被怒气冲冲的黑木博士拉走。
第二天，天还没亮，叶辉就被黑木叫醒，拉着上了一个快艇，不知开往何方……
第四十三章
一天一夜后，黑木和叶辉还有博士的助手们到达了阿罗拉地区的美乐美乐岛的学校拜访大木成也博士，是关东地区大木博士的堂兄弟，主要研究神奇宝贝的形态变化与区别。博士们对特殊的化石翼龙的变化是不是形态变化进行了讨论和验证。反正是叶辉听不懂的东西，在学校的图书管理查询了阿罗拉j-i,ng灵与关东j-i,ng灵的区别，像是阿罗拉的小拉达是恶系而关东地区的小拉达是普通系，他们的形态完全不一样，和异变的闪光j-i,ng灵也有区别。
博士们研究的时间里，叶辉被打发出去到好奥乐市海滩度假，认识了预选队长伊利马，在新朋友伊利马的带领下游玩了整个美乐美乐岛，认识了十克拉山丘，观赏了卡拉蔚湾，听说是美乐美乐岛绝佳景点之一，还在美了美了花园收服了一只满速度天赋的萌虻……不知不觉间2个月时间过去了。带着新的发现黑木、叶辉还有黑木的助手们向下一个地区前进。
……
一年的时间转瞬即过，叶辉带上中途跟着的波纹和有重大发现的黑木回到了丰缘地区。
这一年期间，叶辉到达了阿罗拉、卡洛斯、伊修、神奥四个地区。在阿罗拉地区和新认识的朋友伊利马告别后，约定了有时间会再来旅行，遗憾没能去看其他3个岛屿，紧接着来到了卡洛斯地区，在卡洛斯地区位于卡洛斯地区的中心密阿雷市的研究所渡过半年多的时间，关于特殊状态的j-i,ng灵有了新的进展，从布拉塔诺博士那知道了超进化，但是正常情况下超进化完的神奇宝贝应该恢复原来的形态，但是特殊的化石翼龙没有……经过了他们的讨论明确了这确实是特殊的进化状态，并提出种种假设推论。
后面就是叶辉听不懂的部分了，借着这个特殊的机会，叶辉把化石翼龙的配套超进化钥石给了出去。
有了重大发现后的黑木和布拉塔诺博士交换了邮箱和通讯，带着叶辉去了伊修地区的红豆杉博士研究所和学长联络探讨关于古代环境等等偏僻的知识，送了红豆杉博士一套化石复活机。
1个月后离开了伊修地区来到神奥地区，黑木博士和山梨博士考察了适合化石j-i,ng灵生存的环境建立保护区，叶辉在神奇宝贝中心休息的时候看到了华丽大赛的广告，来自伊修地区雪华市的波纹选手获得了本次华丽大赛大型庆典的冠军，恭喜她。结果出门就遇见了波纹本人。听波纹说在参加神奥联盟大赛铃兰大会获得冠军后，就开始了在神奥的神奇宝贝华丽大赛旅途。获胜后正好和要返回丰缘的叶辉一路，就顺路蹭船了。
回到暮水镇后，除了留在研究所的呆呆兽进化成了河马王，现在成了研究所的助手，叶辉手上的利欧路在旅行期间进化成了可靠的路卡利欧，波导的能量十分强大。还有在不同地区收服的j-i,ng灵，阿罗拉的萌虻，卡洛斯地区布拉塔诺博士送的蓝色花朵的花蓓蓓，在神奥地区森林里收服的鸟王音符鹦鹉。除了没有进化线的音符鹦鹉，其他两只j-i,ng灵都进化了。
在暮水镇的研究所招待了波纹，叶辉也知道了波纹为什么要回丰缘地区，原来是波纹的堂姐波妮是新进的冰系天王，现在的冠军是水系的米可利，四天王分别是龙系源治，冰系波妮，幽灵系芙蓉，恶系花月。
和叶辉交谈一番的波纹听到源漫有了1只化石神奇宝贝，向黑木博士请求希望也可以获得一只化石神奇宝贝。
黑木答应了波纹，叶辉询问波纹的意向从存放j-i,ng灵的球中挑出一只优秀的冰雪龙给她。
第二天，送走了波纹，叶辉开始协助黑木博士整理穿上带回的资料，了解这一年研究所的各个项目的进程，以及签自己的小金库收获报表。
接收了红豆杉博士送的差不多娃娃给黑木研究所做医生，黑木博士将三只化石翼龙和一只闪光的化石盔留了下来，剩下的化石神奇宝贝个种