等吴三桂、尚可喜、耿仲明三人带军出发以后,洪承畴也开始着手整顿南京和江淮地区的军务。
虽然多尔衮承诺再拔给洪承畴十万人马,但这十万人马不可能一下子凑齐,因此先期洪承畴只带来了五万人马,同时也带来了一批火器物员,这时也都陆续到达了江北、江南地区。
现在清军集中在江淮和南京地区的兵力约为二十五六万,并且拥有大量火器,计有各种火炮四百五十余门,其中红衣大炮有近百门,霹雳火炮一百二十余门,火铳二万二千余杆,煫发火铳有一千五百余支。霹雳火箭有二千余筒,震天雷有五千余个。虽然淸军的火器数量只相当于商家军的两个师拥有的火器,但在淸廷来说,这己经是把所有的库存火器全部都拿出来了。
俱体的兵力比例为：满旗及三大营的军队,约为四万五千余人,另有跟役包衣约有一万五千人。因为在多尔衮改制以后,一般的满旗兵出战,是不允许再带跟役包衣,只有白甲兵、牛录、甲喇等少数精锐,或将领级的人物才能带一定的跟役包衣出战。主要的将领有固山额真四人：正白旗阿山、镶蓝旗屯齐、正黄旗谭泰、镶黄旗尹拜图,宗室有多罗贝勒勒克德浑、贝子尚善、满达海。而梅勒额真有：珠玛喇、瓦尔喀珠玛喇、卓罗、泰什哈、蓝拜、硕詹、阿哈尼堪、阿济格尼堪等人。
汉旗及绿营军队约有八万余人,主要的将领有固山额真有：镶白旗佟图赖、镶红旗石廷柱、镶黄旗刘之源、正红旗金砺。梅勒额真有：马光辉、海尔图、李思忠、士彦等,其他汉军将领有沈志祥、吴朝佐、金光裕、夏成德、刘武元、佟岱等人。
蒙古旗的军队有两万五千余人,主要的将领有：固山额真马喇希、吴喇禅、革霸库、富喇克塔等人。
在淸军南征之后,招降的明军约有十余万人,主要的汉将有刘良佐、刘泽清、左梦庚、土国宝、刘进忠、金声桓、王得仁、卢光祖、田雄、徐勇、郝效忠等人。不过其中有不少人都是洪承畴的旧部。
而洪承畴整军的重点当然是南征之后收降的明军。因为满汉旗军、绿营的编制己经比较完善了,用不着洪承畴来重新编整,而且这里的关糸也错综复杂,洪承畴也不愿意去趟这滩混水。收降的明军不仅人数众多,而且来源也十分复杂,而且各将手下的兵力也不相等,有多有少,不过洪承畴下令将其全部打乱,然后重新分组整编。
洪承畴将降军一共为八镇,四大四小,以刘良佐、刘泽清、左梦庚、金声桓四人为大镇,每镇拥兵一万五千人,土国宝、刘进忠、王得仁、郝效忠四人为小镇、每镇一万人。这样一样各将的兵力都拉平了,不会有特别突出的。
在兵力的分布安排上,洪承畴在江北布置了十万人马,甴贝子满达海坐镇归德府,全面指挥江北的军务,另外还有阿山、谭泰、佟图赖、石廷柱满汉各两名固山；而在南京一带布置十二万左右的兵力,由多铎在南京坐镇,手下有屯齐、尹拜图、刘之源、金砺。以及蒙古各旗等人。其余的人马都作为机动兵力。
同时又命山东的阿巴泰,派遣一部份人马驻守兖州,牵制商家军在鲁南的兵力,减轻自己在江淮一线的压力。
而在文治方面,洪承畴委任申朝纪出任河南巡抚,吴景道任河南布政使；张文衡为淮安府知府,兼授淮安道；金之俊为凤阳府知府,兼任淮安巡抚；马之先为武畕府知府,兼任湖广巡抚,刘清泰任湖北布政使；秦世祯为江南巡按,佟岱为江南布政使,付责管理各地的民政事务,安抚民众,蠲免钱粮、恢复生产。并且下令各地驻军均不得扰民。
同时洪承畴又向湖南、江西、安徽各省发檄进行招抚,只要是向清军投降,原官、司均可留任,并不念旧故。并且又严令耿仲明、尚可喜等人,凡事主动向清军归降的各州府县,均不得侵挠劫掠,当以安抚为主。
不过对商家军的措秩则是实行全面封锁,洪承畴要求,在浙江、江北、山东地区,完全封锁住双方的边境线,绝对禁止有人通过边境,和商家军联糸,也严禁商贩前往商家军的地区经商。一经发现,必然严惩。
因为洪承畴了解到,现在商毅的主要财政来源是依靠海外的贸易收入,仅靠浙江一省的生产,根本就支持不了商家军的战事开支。但进行海外贸易,需要靠內陆提供大量的商品,才能为海外贸易保障充足的货源。尽管现在浙江可以自行生产大量的生丝和丝绸,但其他商品也都需要从内陆购进,为了吸引商人,浙江地区己经将商品的收购价格提高了三倍。
为了追求大的利润,在商家军和清军对持的时候,乃然有许多商人冒险将各种商品,穿过清军占领地区,运到浙江来贩买。当然在通过清军防区的时後,商人都会向他们进奉大量的钱财进行贿赂。而这一笔钱自然也都落入了私人的腰包中,因此各地驻守的清军对此也是睁一眼闭一眼,毕竟和钱过不去的人还是少数。而且商家军安插在南京、江淮的情报人员,也主要是通过这些途径,把情报消息传入到浙江。
洪承畴对这种现像当然十分清楚,因此才下令必须全面断绝,彻底浙江的商品供应,虽然在短期內效果不会太显著,但时间长了,虽然不能从经济上完全拖跨商毅,但也可以使浙江的收入大减,从而大大削弱商毅的力量。同时也可以加大商家军的情报传递的困难。
对洪承畴这样的安排布置,多铎也全力的支持,并且派自己的亲卫队组成监查队,在各